Les premières traces de l’activité humaine à Boigneville remontent entre – 3 millions d’années et – 3500 ans avant J.-C. Le nom de la commune « Begnevilla » proviendrait de la langue germanique.

Durant la période de la Renaissance française est installée la cloche de l’église, datée de l’an 1556, elle a été baptisée « Philippine » par son commanditaire. Gabriel Estancelin, curé de la paroisse, redécouvre la crypte de l’église Notre-Dame de l’Assomption en 1677. Sous l’Ancien régime, le territoire de Boigneville est composé des fiefs d’Argeville, des Carneaux et de Touvaux. La famille d’Arbouville est à la tête de la seigneurie de la ville pendant plus de deux cents ans, jusqu’à la mort de Gariel d’Arbouville en 1565. Elle possédait également les fiefs de Buno, de Saint-Val et de Prunay. Des religieuses héritent du domaine de la famille d’Arbouville, puis les terres sont ensuite acquises par le président Théodore de Berzeau de Grave qui les donne à sa fille, l’épouse de Claude de Refuge « chevalier lieutenant général des armées du roi en Italie ».

À l’époque de la terreur, le maire de Boigneville défendit les paysans pauvres en refusant de contribuer à la réquisition de grains de la commune par l’état révolutionnaire. Il est arrêté pour rébellion.

Au XIXème siècle, les activités économiques de la commune sont essentiellement agricoles et artisanales. Elles comprennent des productions propres au Gâtinais, comme le cresson et le miel. Le 14 août 1831, le préfet de la Seine-et-Oise décide, pour la sécurité du canton, la formation d’un bataillon cantonal pour les communes de Maisse, Boigneville, Buno, Gironville, Prunay ainsi que leurs hameaux. La même année, ce dernier encourage le conseil municipal de Boigneville à ouvrir une école afin de favoriser l’instruction primaire. Le printemps suivant, Boigneville fait face au choléra-morbus, la commune est autorisée par anticipation, le 20 avril, à acquérir les médicaments appropriés auprès du pharmacien d’Étampes : M. Pelletier. En 1852, le conseil municipal de Boigneville, sous la présidence du maire de la commune M. Baudet, approuve la proclamation de l’Empire. Discours de M. Baudet aux habitants de la commune : « Habitants de Boigneville. L’Europe entière ayant les yeux fixés sur ce qui se passe en France, c’est un magnifique spectacle que celui d’un grand peuple, s’identifiant ainsi, par tous les sentiments du cœur. Avec le chef qu’il s’est donné, que l’on compare cet acte héroïque d’un Prince au milieu de la sécurité publique, et du bonheur des peuples avec le spectacle effrayant qui était réservé au monde, si la providence n’ait inspiré et soutenu la vigoureuse résolution qui a sauvé la France entière du désordre et de l’anarchie », suite à cette allocution toute la population cria « vive l’Empereur, et vive Napoléon III ! ». Afin de mieux lutter efficacement face aux incendies, la brigade des sapeurs-pompiers de Boigneville est créée par autorisation du 10 juillet 1854. En 1858, suite à la demande de plusieurs habitants, le cimetière autour de l’église est transféré au nord de Boigneville au lieu-dit « Crochet », celui-ci sera ragrandi 22 ans plus tard. Après une requête de la commune de Maisse, le village de Boigneville accepte, en 1863, la création d’un bureau de poste. Celui de Gironville étant trop éloigné des projets de chemins de fer prévus. Notons que l’installation de cette organisation dans le village permettra une forte évolution dans la communication de la commune avec l’extérieur. Boigneville subit l’occupation Prussienne en 1871, après la défaite de Napoléon III à Sedan. Suite à une attaque à main armée causée par les habitants de Courances sur les troupes prussiennes, le canton de Milly-la-Forêt se voit imposer une somme de réparation à l’ennemie, une partie des communes, dont Boigneville, paieront une forte somme en dédommagement. En 1877, la société archéologique et historique de l’Orléanais annonce la découverte d’objets romains sur le territoire de la commune. Après un accord entre les villages de Buno-Bonnevaux, Prunay-sur-Essonne, Gironville-sur-Essonne et Boigneville, le regroupement des communes pour l’éducation est effectif le 01 janvier 1879. Dans la nuit du 24 juillet 1883, la commune est frappée par un grave accident ferroviaire, celui-ci ne transportait aucun passager. Le conducteur du train fut grièvement blessé par le déraillement. À ce jour, il s’agit de l’unique accident ferroviaire ayant causé autant de dégât sur le territoire communal.

En 1905, César Lesage fonde la première grande cressonnière de Boigneville, qui sera pendant plusieurs décennies un moteur économique important pour la commune. L’héritage culturel fait également partie intégrante de l’identité du village, puisqu’en 1908, un sarcophage Mérovingien est retrouvé sur le territoire de la commune. Suite aux suggestions du maire cinq ans plus tôt, le conseil autorise la mise en place du projet de l’éclairage électrique en 1909. Lors de la Grande Guerre, les Boignevillois sont appelés lors de la mobilisation générale à partir au front pour combattre l’ennemi allemand. Beaucoup mourront pour la France au combat. En 1917, un hangar est construit par l’armée américaine à l’allée des Noyers, celui-ci sera par la suite vendu aux paysans. Après la victoire en 1919, la commune de Boigneville accueille les réfugiés, les sinistrés et les rapatriés. Suite à la fin de la Première Guerre mondiale, il est rapidement décidé par le conseil municipal de la mise en place d’un monument à la mémoire des enfants de la commune morts pour la France. Ce monument est fabriqué par M. Chevrier, marbrier à Malesherbes. Il est inauguré au cours de l’été 1922 par le maire en compagnie des habitants du village. Par la suite, Boigneville adhère au projet de syndicat intercommunal de Seine-et-Oise. Le 20 juillet 1934, le feu ravage les bois de la commune d’Orveau, une centaine d’hectares s’enflamment, les pompiers de Boigneville mettront plus de cinq heures avant de parvenir à étreindre l’incendie. Après enquête, la police déclara que le sinistre a été causé par une flammèche échappée d’une locomotive. La guerre vient arrêter brusquement le développement de la commune, les hommes du village sont mobilisés par l’armée. En mai 40, les troupes allemandes envahissent la France, la commune de Boigneville n’est pas épargnée puisque plusieurs officiers occupent les villas Boignevilloises. L’ennemie se sert du réseau PTT de la commune pour communiquer. Toutes les armes des Boignevillois sont confisquées et détruites par les nazis. Par peur des éventuels bombardements, l’armée allemande oblige les habitants, encore présents au village, à creuser des fossés sur le bord de la route qui relie Malesherbes à Étampes. Durant l’occupation la résistance s’organise notamment en relation avec la commune de Malesherbes. Dans la nuit du 11 juillet 1944, les résistants mettent hors-service les rails dans la commune voisine de Buno-Bonnevaux. Quelques jours plus tard, la gare de Malesherbes sera la cible du même groupe de résistants. Après quelques heurts entre Américains et Allemands sur le haut de la commune, Boigneville est libérée le 22 août 1944 par la 5e division d’infanterie US de la 3e armée du général Patton. Après quatre années d’occupation et de privation les récoltes peuvent reprendre sans restrictions. Suite la victoire des alliés, M. Paul Chanteau, maire de la commune invite les Boignevillois à célébrer la victoire le 8 mai 1945 à 17h sur la place de l’église. Jusque dans les années 1960, le commerce est très actif et les divers produits sont vendus sur les marchés voisins. En 1977, l’ancien presbytère du curé Navarre est transformé en salle polyvalente. Dix ans plus tard, le préfet de région, Olivier Philip, fait classer l’église en tant que monument historique. Soucieuse de préserver son patrimoine, la commune aménage en 1996 un ancien garage en écomusée, véritable mémoire de la commune et de ses environs.